Avec 640 hectares répartis sur 105 communes du nord au sud du vignoble jurassien, l'ère dédiée à l'appellation Côtes-du-Jura est la plus vaste de la région. La plus diversifiée également : on y trouve tous les types de vins tranquilles jurassiens, répartis sur des terroirs tout en contrastes et offrant une grande variété d'expressions aux cépages.
Les blancs sont ici majoritaires (à 70 %), avec un rendement à l'hectare qui atteint 60 à 72 hectolitres (mais seulement 20 hectolitres pour les vins de paille). Ils peuvent être élaborés à partir du savagnin, cépage typiquement jurassien qui favorise la constitution de vins ronds aux arômes de noix et d'amande.
Les vins floraux issus du chardonnay constituent aujourd’hui l’essentiel de la production. Marqués par des notes d’acacia, de tilleul ou d’aubépine, ils séduisent par leur fruité (pomme, poire, pêche) et leur fraîcheur en bouche, qui laisse place à une belle finale minérale.
S'il participe à la production de blancs secs traditionnels, le savagnin est toutefois de plus en plus réservé à la confection du vin jaune. Élevé durant au moins 6 ans et 3 mois en fût de chêne, ce dernier possède une forte typicité, et en premier lieu des notes de noix prononcées. À celles-ci s’ajoutent des arômes d'amande, de noisette, d'épices (cannelle, muscade) et de fruits mûrs voire confits (marmelade d’orange, pâte de coing ou de prune). Bien équilibrée, son acidité lui apporte de la fraîcheur. Il s'associe à merveille avec des spécialités franc-comtoises telles que la poularde aux morilles ou le comté, mais aussi avec des fromages bleus ou des desserts aux fruits (ananas rôti, tarte aux abricots).
Le vin de paille figure lui aussi au nombre des spécialités jurassiennes. Pour sa production, des grappes sont préalablement séchées dans des greniers aérés, sur des lits de paille, des claies ou suspendues à des fils. Elles pourront ainsi atteindre une forte concentration en sucre qui donnera sa typicité à ce vin liquoreux délicat, aux notes de fruits exotiques et de fruits secs. Fort d'un excellent équilibre alcool/acidité/sucre, il se révélera un parfait compagnon pour les desserts, notamment les tartes aux fruits.